Экспозиция краеведческого музея, посвящённая истории города Подольска, располагается в бывшем Главном здании присутственных мест, которое входило в ансамбль административных зданий. Этот ансамбль - единственное, что сохранилось в Подольске от эпохи императора Николая I. Первоначально здесь стояло деревянное здание. В 20-х годах XIX века в соответствии с Именным повелением императора Александра I «О постройке в уездных городах Тюремных помещений и Присутственных мест сообразно прилагаемым планам» на месте прежнего деревянного здания был создан архитектурный ансамбль.
Присутственные места, обозначенные на плане города за 1849 год как «тюремный замок», занимали территорию в виде прямоугольника. Основное двухэтажное здание (Советская площадь, дом 7) выходило на Главную площадь города. В правом его флигеле располагались комнаты пересыльных арестантов, баня и кухня. В левом - конюшня со стойлами и помещения для подвод.
В конце 70-х годов XIX века Московская духовная консистория приняла решение о строительстве тюремной церкви. Проект церкви разработал архитектор Леман в 1876 году. Помещение имело размеры в плане 6 х 22 м и высоту 5 метров. Вход в нее украшала небольшая звонница над карнизом фронтона здания. Перед входом был выгорожен церковный дворик. К противоположной торцовой стене церкви, за алтарем, примыкала одноэтажная постройка. Церковь была освящена во имя Пресвятой Богородицы «Всех скорбящих Радость» и приписана к благочинию Троицкого собора, главного городского собора.
Если XIX век стал для ансамбля присутственных мест города периодом созидания и поэтапного преобразования, то век XX - периодом постепенного разрушения. В начале 20-х годов была закрыта Тюремная церковь, снесена колокольня. Потом помещение церкви и правый флигель переделали в двухэтажные постройки. Прошла реконструкция и перепланировка основного здания, фасад которого утратил строгий архитектурный облик, приобрел стандартно безликий вид рядовой постройки. В начале 60-х годов XX в. снесена часть левого одноэтажного флигеля. В советское время здесь помещалась городская прокуратура и другие государственные учреждения.
После проведения реставрационных работ, здание было передано Подольскому краеведческому музею. Во внутренней отделке помещений были сохранены фрагменты старинной кладки стен, деревянные потолки и лестница, выполненная из подольского белого мрамора.
Открытие новой экспозиции состоялось 9 октября 2011 года и было приурочено к празднованию 230-летия города Подольска.
